Chegou a Guimarães, em 2005, com um pesado fardo: substituir Palatsi que houvera sido determinante nas temporadas anteriores.
Logo nesse ano, Nilson o "Paredão da Bahia", viveria um dos piores momentos da história vitoriana, ao fazer parte da equipa que haveria de descer de divisão nesse ano.
Recompor-se-ia. Assumiria de modo indiscutível a titularidade na equipa, para a defender as suas malhas, e depois a capitaneá-la, viver inesquecíveis momentos. Seria o guarda-redes do ano do Regresso do Rei, bem como da inesquecível temporada seguinte, a do terceiro lugar.
Sempre capaz de fazer grandes exibições, ainda hoje são lembrados os seus desempenhos perante o Benfica, em duas partidas a contar para a Taça de Portugal, nas épocas de 2005/06 e 2009/10, em que simplesmente "fechou" a baliza com intervenções divinas, quase sobrenaturais, de um homem que era, efectivamente, um "seguro de vida" nas redes dos Conquistadores.
Haveria de abandonar o clube no final da temporada de 2011/12, dando lugar a Douglas, que, também, haveria de tornar-se numa das maiores referências da histórias das malhas vitorianas. Quanto a Nilson foram 232 partidas de Rei ao peito e muitas defesas capazes de nos fazer felizes...